| SCAND3 expression based on | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
STAD : Stomach adenocarcinomna*
Please note that the TPM values for gene considered is extremely low (TPM < 1).
Statistics: Unpaired two sample T-test was employed to evaluate levels of significance in expression level between any two sample groups
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
Cancer stage information is not available for 25 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
Patient race information is not available for 55 samples and one samples from American Indians not included in the above plot.
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STAD : Stomach adenocarcinomna*
Please note that the TPM values for gene considered is extremely low (TPM < 1).
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
Patient age information is not available for 5 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomna*
Please note that the TPM values for gene considered is extremely low (TPM < 1).
Note
Tumor grade information is undetermined for 9 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
H.pylori infection status is not available for 85 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
Tumor histology is not available for 3 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomnaNote
Nodal metastais status is not available for 2 samples and cancer in nearby lymph nodes cannot be measured (NX) in 17 samples.
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STAD : Stomach adenocarcinomna*
Please note that the TPM values for gene considered is extremely low (TPM < 1).
Note
Whole exome sequencing data is not available for 2 samples.
TP53 mutation status is obtained from TCGA whole exome sequencing data. We downloaded Mutation Annotation Format (MAF) files (derived from VarScan2) from Genomic Data Commons portal. The sample with/without TP53 mutation were matched with RNA-seq data
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